武功讲究内修外练。内修在前，可见内修为基础，要先习得基础，打牢根基，真正的上乘功夫才能得心应手。内修催动外练，使拳脚，兵器的功夫更加变幻、强大。
《九阴真经》手游汲取端游精髓，庞大的玩法体系中也隐含内修和外练两种武学思维。内修顾名思义内功修炼，向内体悟，外练则是武学套路的研习。两相结合，以内修为基，外练为器。
内功修炼，并非一朝一夕之功，更讲究的是长久而反复的锤炼，厚积而薄发，水到渠成。玩家可以修炼各门各派以及江湖上的内功，搭配武学招式套路的修炼，从而使自己在战斗中拥有让对手难以琢磨的高深实力，同时内功修炼的过程中也能打通全身各大经脉，提升玩家实力。武学和内功一样也需要千锤百炼，方能施展出它巨大的威力，一套武学的研习程度以“层”为单位衡量，修炼的层数越高，实力越强。
《九阴真经》无论是端游还是手游，都不是简单的等级，属性的叠加，每一种内功修炼到一定程度之后都会触发其特殊的内功特效，基于特效，选择武学套路以及兵器，事倍功半。内功和武学招式的获得则看玩家的“机缘”了，无论师门拜师学习，还是通过夺书、禁地以及踢馆等，亦或是江湖奇遇，获得方式多种多样。
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